En un principio la idea se desarrolló sin infortunios, hasta que un día el arquitecto encargado de la construcción de la mezquita paralizó la obra y comunicó a Bibi que la construcción se reanudaría únicamente en caso de que esta se dejase besar. Aunque la esposa del ‘amir’ se resistió en un principio, el arquitecto acabó consiguiendo su propósito y besó a Bibi en la mejilla, donde se le quedaría marcado un gran lunar. Cuando el ‘amir’ Timur regresó de su viaje, estando la obra terminada, la mujer le recibió cubierta con un ‘nikab’. Cuando el ‘amir’ se percató castigó al arquitecto e impuso una ley que obligaría a las mujeres a usar el velo integral para calmar la excitación masculina.
La leyenda también cuenta que Timur ordenó a Bibi recoger aquello que considerase más importante del palacio y lo abandonase para siempre. Al día siguiente el ‘amir’ despertó a bordo de un carro, pues la mujer creyó oportuno demostrarle de esta manera que él era lo más importante de su vida. El ‘amir’ aceptó la reconciliación y acabó bautizando la mezquita con el nombre de su amada.
Actualmente la mezquita de Bibi Khanym es uno de los más preciados museos de Samarcanda, y en su mayor parte está restaurada, pues un terremoto la derruyó significativamente en el año 1907 (se derrumbaron aproximadamente 400 columnas). La mezquita, que durante el siglo XV (se terminó de construir en el siglo XIV) resultaba ser la más grande de Asia Central. Actualmente se mantienen en pie el cuerpo central y las dos naves laterales pero quedan aún pendientes de recuperación centenares de pilares, recuerdo de lo que fue. Para comprender mejor todo el proceso que ha llevado el recinto al estado actual se pueden ver imágenes en las que tan solo quedan en pie parte de los portales de las naves y, yaciendo en el suelo, más de 400 pilastras sin ningún techo que sujetar.
Justo de frente a la entrada principal se halla un gran atril para el gigantesco Corán , el libro sagrado del gobernador. A día de hoy este atril, como tantos otros monumentos ubicados en los territorios que abarcaba la antigua Ruta de la Seda, sirve para invocar los deseos de los fieles, que recién casados deben acudir al lugar y dar diversas vueltas alrededor del monumento para que estos deseos se hagan realidad.
La mezquita de Bibi Khanym nos ha abierto el paso al epicentro de la Ruta de la Seda, pues el templo se encuentra donde el camino que antiguamente desembocaba en la puerta de Tashkent, uno de los seis accesos que cercan la milenaria ciudad de Samarcanda.